常見的水生微生物：真菌、細(xì)菌、原生動物、噬菌體。水生微生物在生態(tài)系統(tǒng)中的地位非常重要，它們主要起到分解的作用。若沒有水生微生物，那么動植物殘?bào)w、排泄物等無法循環(huán)，物質(zhì)將被鎖在有機(jī)質(zhì)中不能被生產(chǎn)者利用，會導(dǎo)致整個生態(tài)系統(tǒng)崩潰。

　　細(xì)菌、真菌，如：放線菌、腐生菌、原生動物。它們以不同的碳水化合物，包括糖、淀粉、有機(jī)酸、纖維素、半纖維素等作為能源。

　　細(xì)菌是重要的分解者，他們分布很廣而且可以分解有機(jī)物，一公克的土壤通常包含4千萬個細(xì)菌細(xì)胞，而且地球上的細(xì)菌形成一種生物量，這種生物量是超過全部現(xiàn)存的植物和動物，細(xì)菌在滋養(yǎng)物的循環(huán)是重要的，而許多滋養(yǎng)物的循環(huán)是依靠生物。

　　不同于細(xì)菌，真菌是單細(xì)胞生物，大多腐生營養(yǎng)真菌會增加分歧網(wǎng)狀系統(tǒng)的菌絲。細(xì)菌的增生是被限制而且吃暴露在表面的有機(jī)物，真菌可以使用他們的菌絲去穿透較大的有機(jī)物質(zhì)。