南京的博物館有：南京博物院、侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀(jì)念館、南京市博物總館、南京中國(guó)科舉博物館、雨花臺(tái)烈士紀(jì)念館、南京地質(zhì)博物館、江寧區(qū)博物館、大報(bào)恩寺遺址博物館、明孝陵博物館、云錦博物館、明城垣博物館、孫中山紀(jì)念館、求雨山文化名人紀(jì)念館、抗日航空烈士紀(jì)念館、江南絲綢文化博物館。

　　南京博物院

　　南京博物院位于南京市玄武區(qū)中山東路321號(hào)，是中國(guó)三大博物館之一，簡(jiǎn)稱南院或南博，其前身是民國(guó)二十二年（1933年）蔡元培等倡建的國(guó)立中央博物院，是中國(guó)創(chuàng)建最早的博物館、中國(guó)第一座由國(guó)家投資興建的大型綜合類博物館?，F(xiàn)為大型綜合性的國(guó)家級(jí)博物館、首批國(guó)家一級(jí)博物館、首批中央地方共建國(guó)家級(jí)博物館、國(guó)家AAAA級(jí)旅游景區(qū)、全國(guó)重點(diǎn)文物保護(hù)單位和中國(guó)20世紀(jì)建筑遺產(chǎn)。

（圖為南京博物院）

　　侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀(jì)念館

　　侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀(jì)念館位于南京市建鄴區(qū)水西門大街418號(hào)，通稱江東門紀(jì)念館，選址于南京大屠殺江東門集體屠殺遺址及遇難者叢葬地，是中國(guó)首批國(guó)家一級(jí)博物館，首批全國(guó)愛國(guó)主義教育示范基地，全國(guó)重點(diǎn)文物保護(hù)單位，首批國(guó)家級(jí)抗戰(zhàn)紀(jì)念設(shè)施、遺址名錄，也是國(guó)際公認(rèn)的二戰(zhàn)期間三大慘案紀(jì)念館之一。

　　南京市博物總館

　　南京市博物總館是國(guó)家一級(jí)博物館，中國(guó)國(guó)家一級(jí)博物館中唯一一家實(shí)行總、分館制的博物館，總館成立于2014年，是融匯南京古代史、近現(xiàn)代史、革命史、城市史、考古、文保、民俗與非遺等諸多門類的綜合性歷史藝術(shù)類博物館。截至2015年底，南京市博物總館有館藏文物10萬余件（套），其中一級(jí)文物395件（套）。

　　南京市博物總館下轄“七館一所”，包括南京市博物館（朝天宮）、太平天國(guó)歷史博物館（瞻園）、中國(guó)共產(chǎn)黨代表團(tuán)梅園新村紀(jì)念館、南京市民俗博物館（甘熙宅第）、渡江勝利紀(jì)念館、江寧織造博物館、六朝博物館和南京市文化遺產(chǎn)保護(hù)研究所等八家市屬文博館所，本著整合歷史文化資源、為社會(huì)及其發(fā)展服務(wù)的理念，成為南京公共文化服務(wù)體系的重要組成部分。

　　南京中國(guó)科舉博物館

　　中國(guó)科舉博物館位于南京市秦淮區(qū)夫子廟學(xué)宮東側(cè)，地處夫子廟秦淮風(fēng)光帶核心區(qū)，是中國(guó)科舉制度中心、中國(guó)科舉文化中心和中國(guó)科舉文物收藏中心。已開放的部分場(chǎng)館包括博物館地下三層，地面上明遠(yuǎn)樓、至公堂、號(hào)舍、碑刻及南苑的魁光閣等，含11個(gè)展廳，是中國(guó)唯一一家地下式博物館。

（圖為雨花臺(tái)烈士紀(jì)念館）

　　雨花臺(tái)烈士紀(jì)念館

　　雨花臺(tái)烈士紀(jì)念館位于南京市雨花臺(tái)區(qū)雨花臺(tái)烈士陵園南端的任家山上，是一座既有傳統(tǒng)民族風(fēng)格且具現(xiàn)代氣息的優(yōu)美建筑。紀(jì)念館于1984年4月破土興建，1987年1月5日通過驗(yàn)收，1988年7月1日正式對(duì)外開放，是著名建筑大師楊廷寶先生生前設(shè)計(jì)的最后一座建筑。

　　南京地質(zhì)博物館

　　南京地質(zhì)博物館位于南京市玄武區(qū)珠江路，建于1935年，原名中央地質(zhì)調(diào)查所地質(zhì)礦產(chǎn)陳列館，是中國(guó)歷史最悠久的自然科學(xué)博物館之一，也是中國(guó)第一個(gè)以地質(zhì)礦產(chǎn)為主要內(nèi)容的專業(yè)博物館，其前身是1913年成立于的中央地質(zhì)地質(zhì)調(diào)查所礦產(chǎn)陳列室，是中國(guó)地質(zhì)科學(xué)的發(fā)源地，也是培養(yǎng)中國(guó)地質(zhì)工作者的搖籃。

　　江寧區(qū)博物館

　　江寧博物館是國(guó)家三級(jí)博物館，南京市成立最早的區(qū)級(jí)博物館，成立于1958年5月6日，座落在江寧城區(qū)東山鎮(zhèn)竹山公園秦淮河畔（江寧區(qū)竹山路88號(hào)）。江寧博物館由千秋江寧、風(fēng)流東晉、裴家同書畫館及一個(gè)臨時(shí)展廳組成，館藏文物達(dá)3000余件。

（圖為大報(bào)恩寺遺址博物館）

　　大報(bào)恩寺遺址博物館

　　大報(bào)恩寺遺址博物館位于南京城南中華門外古長(zhǎng)干里，遺址得名于明代皇家寺院大報(bào)恩寺。該寺為明清時(shí)期中國(guó)佛教中心，為中世紀(jì)“世界七大奇跡”之一，被當(dāng)時(shí)西方人視為代表中國(guó)的標(biāo)志性建筑。三國(guó)孫吳時(shí)期此地建有佛教精舍和阿育王塔，是繼洛陽(yáng)白馬寺之后中國(guó)第二座寺廟；也是中國(guó)南方首座佛教寺院建初寺所在地，為江南佛教發(fā)祥地。遺址長(zhǎng)干塔地宮先后發(fā)現(xiàn)并清理出明代大報(bào)恩寺大殿、觀音殿、法堂，以及始建于北宋大中祥符四年的長(zhǎng)干寺真身塔地宮等重要遺跡。

　　明孝陵博物館

　　明孝陵博物館位于江蘇省南京市玄武區(qū)鐘山風(fēng)景名勝區(qū)內(nèi)，是關(guān)于明太祖朱元璋、世界文化遺產(chǎn)明孝陵和南京明文化的專題展館，新館外觀采用了明清時(shí)期江南地區(qū)的建筑風(fēng)格，白墻、灰瓦、雕花木門、坡頂屋面、馬頭墻、花格窗等典型元素的運(yùn)用，使得整體建筑與周邊明孝陵遺存的大金門、四方城等文化遺址和草木蔥郁的自然環(huán)境相協(xié)調(diào)，這也與600多年前明孝陵“天人合一”的建造理念不謀而合。

　　云錦博物館

　　中國(guó)南京云錦博物館位于江蘇省南京市建鄴區(qū)茶亭東街240號(hào)，是中國(guó)唯一的云錦專業(yè)博物館、國(guó)家三級(jí)博物館，主要展示以南京云錦為代表的中國(guó)民族織錦藝術(shù)，是“新金陵四十八景”之一。

　　中國(guó)南京云錦博物館前身是創(chuàng)建于1984年的中國(guó)織錦工藝陳列館，是中國(guó)首家集知識(shí)、觀賞、娛樂為一體的織錦藝術(shù)博物館，由江蘇省南京云錦工藝研究生產(chǎn)試驗(yàn)中心主辦，目的是為促進(jìn)中國(guó)傳統(tǒng)民族民間織錦的開發(fā)利用、技藝交流，接待國(guó)內(nèi)外專業(yè)人士參觀訪問。